Thread Rating:
  • 0 Vote(s) - 0 Average
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5

badslippers puma
#1

Sommige daarvan waren gebruikt in eerdere puma x fenty genetische studies met verschillende markers (Culver et al., 2000; Castilho et al., 2011; Miotto et al., 2011, 2012). Daarom hebben we als geheel nieuwe gegevens verzameld van in totaal 186 personen. Deze monsters waren afkomstig uit een uiteenlopende reeks geografische regio's in het grootste deel van het poemabereik, met een grotere nadruk op Zuid-Amerika (zie tabel S1). Twee monsters van Puma yagouaroundi werden ook opgenomen om te worden gebruikt als outgroups in sommige analyses. Equence-elektroferogrammen werden visueel geïnspecteerd en bewerkt met Chromas Lite 2.01 of FinchTV 1.4.0. 

Om een marker te selecteren die geschikte informatieniveaus zou bieden, hebben we in eerste instantie de mtDNA-fragmenten onderzocht die in eerdere studies zijn gebruikt, vooral die met Neotropical felids (bijv. Eizirik et al., 1998, 2001; Johnson et al., 1998, 1999; Culver et al. ., 2000). We selecteerden de ca. 750 bp lang fragment van badslippers puma het ND5-gen gerapporteerd door Trigo et al. (2008), waardoor de informatie-inhoud die is afgeleid van deze marker aanzienlijk is toegenomen ten opzichte van de vorige fylogeografische studie van de poema (Culver et al., 2000). Ten slotte was de beschikbaarheid van ND5-sequenties voor de uitgestorven felid Miracinonyx trumani (Barnett et al., fenty puma slippers 2005) een bijkomend voordeel van dit segment, waardoor dit fossiele taxon in sommige analyses kon worden opgenomen. 

Onze eerste reeks beesten was gericht op het schatten van de moleculaire kloksnelheid voor ons segment in puma-lijnen. We gingen uit van een Yule-proces voor de boom en namen een niet-gecorreleerde lognormale ontspannen moleculaire klok op. Om beter aan de verwachtingen van het Yule-proces te kunnen voldoen, hebben we slechts vijf uiteenlopende puma-haplotypes opgenomen, samen met de twee hier gegenereerde jaguarundi-sequenties. Om de moleculaire klok te kalibreren gingen we ervan uit dat poema's en jaguarundis varieerden tussen 3.16 en 6.01 MYA (95% puma 2019 HPD van de schatting gerapporteerd door Johnson et al. (2006) met behulp van een nucleaire supermatrix). 

We hebben de t MRCA beoordeeld voor vier verschillende monstersets: (i) compleet monster; (ii) alleen Zuid-Amerika; (iii) Noord- en Midden-Amerika (NA NCA); en (iv) een subset van 24 NA NCA-monsters die een regionaal endemische sublade in het haplotype-netwerk vormden, wat wijst op autochtone diversificatie (zie resultaten). De BSP-analyses werden alleen uitgevoerd voor sets (i) en (ii), omdat hun grotere steekproefgrootte meer robuuste demografische gevolgtrekkingen mogelijk maakte. Over het algemeen waren er 28 haplotypes, waarvan 22 in Zuid-Amerika (H01 - H22), een van deze (H09) worden gedeeld met Midden-Amerika (figuur 2A). Matige tot hoge niveaus van haplotypediversiteit werden waargenomen, terwijl de nucleotidendiversiteit vrij laag was (tabel 2). 

Vanwege deze vermindering van het aantal sites werd het netwerk minder opgelost, maar de resultaten suggereerden nog steeds dat de outgroup nauwer verbonden was met Zuid-Amerikaanse en Zuid-Midden-Amerikaanse poema's dan met Noord-Midden- en Noord-Amerikaanse haplotypes. structuur in meer kwantitatief detail, we hebben verschillende rondes van AMOVA uitgevoerd, waarbij verschillende geografische clusteringstrategieën werden gebruikt. In de eerste fase, toen alleen Zuid-Amerikaanse poema's werden geanalyseerd, waren de st-waarden vrij hoog en statistisch significant, waarbij strategie 1c de hoogste puma amsterdam algehele st opleverde (tabel 3). 

Bayesiaanse Skyline-plots afgeleid van een uitlijning van puma ND5-sequenties. In (A) werd de analyse uitgevoerd voor alle poemastalen en in (B) alleen voor Zuid-Amerikaanse poema's. De dikke ononderbroken lijn vertegenwoordigt het gemiddelde, terwijl de limieten van 95% HPD (hoogste posterieure dichtheid) worden weergegeven door de blauwe gebieden. De verticale stippellijnen verwijzen naar de t MRCA, waarbij de dunne lijn de onderste HPD-limiet van 95% aangeeft en de dikke lijn het gemiddelde. De x-as wordt afgebeeld op een schaal van miljoenen jaren (myr). De y-as vertegenwoordigt de [Image: puma-997pfe.jpg] effectieve populatiegrootte (Ne) vermenigvuldigd met de generatietijd (ook in myr).
Reply


Forum Jump:


Users browsing this thread: 1 Guest(s)